Summer School in Bioinformatics Gene Expression Analysis

Summer School in Bioinformatics

(Gene Expression Analysis)

 

 

 

September 19 – September 22, 2015
Application Deadline: September 12, 2015

 

This course will take place at IPM

Lecturers :

Dr. Esmaeil Ebrahimie, Dr. Pegah Khosravi, Dr. Elnaz Saberi Ansari and Dr. Yazdan Asgari

 

With the introduction of next-generation sequencing platforms, it is now feasible to use high-throughput sequencing approaches to address many research questions. Now more than ever, it is crucial to know what Bioinformatics tools and resources are available, and it is necessary to develop Bioinformatics skills to analyze high-throughput data using those tools.

 

The IPM, has developed a comprehensive four-day course covering key Bioinformatics concepts and tools required to analyze expression data.

 

The course contains the following concepts:

•           Introduction to MATLAB programming (practical)

•           Introduction to expression data and network analysis (practical)

•           Cytoscape (practical)

•           Understanding of systems biology (theory)

•           RNA-Seq analysis in Prokaryotes and Eukaryotes (practical)

•           Small RNA-Seq analysis (practical)

•           Pathway analysis by Gene Set Enrichment approach and Gene Ontology network analysis (practical)

•           Data mining in functional genomics: application of Knowledge discovery, Biosignature, modelling and prediction (theory)

•           How to prepare different datasets of protein, SNP, Prosite, neucleotide and transcription factor (practical)

•           Attribute weighting models and combination with multivariate analysis (practical)

•           Predictive models (Decision trees and association rule mining) (practical)

•           Comparative Genomics – A brief Introduction (theory)

•           Genome wide association analysis (GWAS) and SNP discovery (practical)

•           Variant selection based on amino acids changes, GO analysis, and transcriptomics changes (practical)

Target Audience: Graduate students, postdoctoral scholars, and principal investigators currently working with data from next-generation sequencing platforms, or about to embark on projects that require analysis of such data.

Computer requirements: You will need to bring your own laptop computer with wireless internet capacity. The minimum specifications are as follows: 1024x768 screen resolution, 1.5GHz CPU, 1GB RAM, and a recent version of the Windows or Mac operating systems. Most laptops purchased in the past 3-4 years likely meet these requirements. We strongly recommend that you install MATLAB & Cytoscape before the first day of class. You can download the last version of Cytoscape from http://cytoscape.org/.

Application instructions: Follow the link to apply for this course

 

The course will run from 9:00 a.m. until 5 p.m. each day. Course fees cover registration and all foods (i.e., continental breakfasts, coffee breaks, lunches, and a reception). Full payment is due on September 12, 2015.     

 

دلم گرفته از این روزها، دلم تنگ است

دلم گرفته از این روزها، دلم تنگ است

میانِ ما و رسیدن، هزار فرسنگ است

 

مرا گشایشِ چندین دریچه کافی نیست

هزار عرصه برای پریدنم تنگ است

 

اسیرِ خاکم و پرواز سرنوشتم بود

فروپریدن و در خاک بودنم ننگ است

 

چگونه سر کند اینجا ترانۀ خود را؟

دلی که با تپشِ عشقِ او هماهنگ است

 

هزار چشمۀ فریاد در دلم جوشید

چگونه راه بجوید که رو به رو سنگ است

 

مرا به زاویۀ باغ عشق مهمان کن

در این هزاره، فقط عشق، پاک و بی‌رنگ است

 

سلمان هراتی

M8: The Lagoon Nebula

2010 August 5

M8: The Lagoon Nebula
Credit & Copyright: Steve Mazlin, Jack Harvey, Rick Gilbert, and Daniel Verschatse
(Star Shadows Remote Observatory, PROMPT, CTIO)

Explanation: This beautiful cosmic cloud is a popular stop on telescopic tours of the constellation Sagittarius. Eighteenth century cosmic tourist Charles Messier cataloged the bright nebula as M8. Modern day astronomers recognize the Lagoon Nebula as an active stellar nursery about 5,000 light-years distant, in the direction of the center of our Milky Way Galaxy. Remarkable features can be traced through this sharp picture, showing off the Lagoon's filaments of glowing gas and dark dust clouds. Twisting near the center of the Lagoon, the bright hourglass shape is the turbulent result of extreme stellar winds and intense starlight. The alluring view is a color composite of both broad and narrow band images captured while M8 was high in dark, Chilean skies. It records the Lagoon with a bluer hue than typically represented in images dominated by the red light of the region's hydrogen emission. At the nebula's estimated distance, the picture spans about 30 light-years.

حدیث 9/ چه کسانی که در گرفتارى صبور و در آسایش شاکرند؟

امام صادق(ع): سزاوار است مؤمن، در سختى ها با وقار، در گرفتارى صبور، در آسایش شاکر و به روزى خداوند قانع باشد.

امام جعفر صادق علیه‌السلام: سزاوار است مؤمن هشت خصلت داشته باشد:
در سختى ها با وقار، در گرفتارى صبور، در آسایش شاکر و به روزى خداوند قانع باشد، به دشمنان ستم نکند، از دوستان کینه و دشمنى به دل نگیرد، بدنش از او در رنج و مردم از او در آسایش باشند.

متن حدیث:

یَنْبَغى لِلْمُؤْمِنِ اَنْ یَکونَ فیهِ ثَمانى خِصالٍ: وَقورا عِنْدَ الهَزاهِزِ ،صَبورا عِندَ البَلاءِ، شَکُورا عِنْدَ الرَّخاءِ، قانِعا بِما رَزَقَهُ اللّه، لایَظْلِمُ الاَعْداءِ، وَ لایَتَحامَلُ لِلاَْصْدِقاءِ، بَدَنُهُ مِنْهُ فى تَعَبٍ وَ النّاسُ مِنْهُ فى راحَةٍ.

حدیث 8/ لقمان همنشینی در چه مجالسی را به پسرش سفارش کرد؟

اى پسرم! مجالس را با دو چشمانت، آگاهانه انتخاب کن. پس اگر گروهى را دیدى که خدا را یاد مى‌کنند، همراهشان بنشین.

امام جعفر صادق علیه‌السلام: لقمان به پسرش گفت:  اى پسرم! مجالس را با دو چشمانت، آگاهانه انتخاب کن. پس اگر گروهى را دیدى که خدا را یاد مى‌کنند، همراهشان بنشین.

زیرا اگر عالم باشى، هم دانشت به تو سود مى رساند و هم آنهابر دانشت مى‌افزایند، و اگر نادان باشى، تو را دانش مى‌آموزند و چه بسا خداوند بر آنان نظر رحمت افکنَد، پس تو را نیز در بر گیرد.

متن حدیث: 

الإمام الصادق علیه السلام: قالَ لُقمانُ لاِبنِهِ: یا بُنَیَّ، اِختَرِ المَجالِسَ حدیث عَلى عَینَیکَ، فَإِن رَأَیتَ قَوماً یَذکُرونَ اللّه َ فَاجِلس إلَیهِم، فَإِنَّکَ إن تَکُ عالِماً یَنفَعکَ عِلمُکَ و یَزیدوکَ عِلماً إلى عِلمِکَ، وإن تَکُ جاهِلاً یُعَلِّموکَ، و لَعَلَّ اللّه َ أن یُطلِعَهُم بِرَحمَةٍ فَتَعُمَّکَ مَعَهُم.

«قصص الأنبیاء، ص 190 ح 238 - بحار الأنوار، ج 13 ، ص 417 »

حدیث 7/ توصیه پیامبر(ص) درباره چهار چیزی که هدر می‌رود

پیامبر اکرم صلی الله علیه و اله در سفارشی به امام علی(ع) چهار چیزی را که به هدر می‌رود را بیان فرموده‌اند.

پیامبر اکرم حضرت محمد صلى‏ الله ‏علیه و ‏آله - خطاب به امام على علیه‌‏السلام فرمودند: اى على! چهار چیز، هدر مى‏‌رود: خوردن پس از سیرى، افروختن چراغ در شب مهتابى، کاشتن در شوره‏ زار، و نیکى کردن به کسى که شایسته آن نیست.

متن حدیث:

رسول اللّه‏ صلى‏ الله ‏علیه و ‏آله و سلّم- لِعَلِیٍّ علیه‏‌السلام: یا عَلِیُّ، أربَعَةٌ یَذهَبنَ ضَیاعاً: الأَکلُ عَلَى الشِّبَعِ، وَالسِّراجُ فِی القَمَرِ، وَالزَّرعُ فِی السَّبَخَةِ، وَ الصَّنیعَةُ عِندَ غَیرِ أهلِها.

«من‌لایحضره‌الفقیه، ج 4، ص 373 -دانش نامه احادیث پزشکی، ج 2 ،ص 98»

حدیث 6/ نیتهایی که موجب جاودانگی اهل بهشت می شود

امام صادق علیه‌السلام: اهل بهشت بدان جهت در بهشت جاودانند که قصد آنها این بوده اگر همیشه در دنیا باقی باشند، براى همیشه خدا را اطاعت نمایند.

از امام جعفر صادق علیه‏‌السلام درباره جاودانگی در بهشت و دوزخ سوال شد، ایشان فرمودند: اهل دوزخ بدان جهت در دوزخ جاودانند که در دنیا نیّت آنها این بوده چنانچه همیشه در دنیا بمانند، خداوند را نافرمانى کنند.
و اهل بهشت بدان جهت در بهشت جاودانند که قصد آنها این بوده اگر همیشه در دنیا باقی باشند، براى همیشه خدا را اطاعت نمایند.
بنابراین، به خاطر نیت ها است که  این دو گروه جاودانگى یافته‌اند. آن‏گاه حضرت گفتار خداوند را تلاوت کردند: «بگو هر کسی طبق نیت خود عمل مى‏‌کند».

 متن حدیث:

عن ابی‌هاشم قال سالت اباعبدالله علیه‌السلام عن الخلود فی الجنة و النار قال:
إِنَّما خُلِّدَ أَهلُ النّارِ فِى النّارِ لأَِنَّ نیّاتَهُم کانَت فِى الدُّنیا أَن لَو خُلِّدُوا فیها أَن یَعصُوا اللّه‏َ أَبَدا وَ إِنَّما خُلِّدَ أَهلُ الجَنَّةِ فِى الجَنَّةِ لأَِنَّ نیّاتَهُم کانَت فِى الدُّنیا أَن لَو بَقُوا فیها أَن یُطیعُوا اللّه‏َ أَبَدا فَبِا النِّیّاتِ خُلِّدَ هؤُلاءِ وَهؤُلاءِ ثُمَّ تَلا قَولَهُ تَعالى: « قُل کُلٌّ یَعمَلُ عَلى شاکِلَتِهِ »

«علل الشرایع، جلد2، صفحه 210»

حدیث 5/ هر که سه چیز را به ناحق بخواهد، از سه چیز به حق محروم گردد

امام جعفر صادق علیه‌السلام فرموده‌اند هر که سه چیز را به ناحق بخواهد، از سه چیز به حق محروم گردد.

امام جعفر صادق علیه‌السلام: هر که سه چیز را به ناحق بخواهد، از سه چیز به حق محروم گردد:
1- هر که دنیا را به ناحق بخواهد، از آخرت حقیقتا محروم می‌گردد.
2- هر که به ناحق ریاست طلب کند، از طاعت زیردستان، به حق محروم می‌شود.
3- هر که به ناحق مالی را بخواهد، از ماندگار بودن آن مال به حق محروم گردد.

متن حدیث:

من طلب ثلاثة بغیر حق حرم ثلاثة بحق: من طلب الدنیا بغیر حق حرم الاخرة بحق، و من طلب الریاسة بغیر حق حرم الطاعة له بحق و من طلب المال بغیر حق حرم بقاءه له بحق.

«تحف‌العقول، صفحه 335»

حدیث 4/ جملاتی که امام علی(ع) هنگام عبور از قبرستان به کمیل گفتند

دارایى با خرج کردن کم مى‌‏شود، امّا دانش با انفاق زیاد مى‏‌گردد و دست پرورده مال و ثروت با از بین رفتن آن، از بین مى‏‌رود.

امام على علیه‌‏السلام دست کمیل بن زیاد راگرفت و او را به سوى گورستان برد و چون به صحرا رسید، آهى از نهاد برکشید و به او فرمود: اى کمیل! دانش بهتر از دارایى است؛ زیرا دانش از تو نگهبانى مى‏‌کند امّا از دارایى تو باید نگهبانى کنى، دارایى با خرج کردن کم مى‌‏شود، امّا دانش با انفاق زیاد مى‏‌گردد. و دست پرورده مال و ثروت با از بین رفتن آن از بین مى‏‌رود.(احترام و موقعیت اجتماعى خود را از دست مى‏‌دهد).

متن حدیث:

لِکُمَیلٍ لَمّا أخَذَ بِیَدِهِ وأخرَجَهُ إلَى الجَبّانِ فلَمّا أصحَرَتَنَفَّسَ الصُّعَداءَ وقالَ: یا کُمَیلُ ، العِلمُ خَیرٌ مِنَ المالِ، العِلمُ یَحرُسُکَ وأنتَ تَحرُسُ المالَ ، والمالُ تَنقُصُهُ النَّفَقَةُ ، والعِلمُ یَزکو عَلَى الإنفاقِ ، وصَنیعُ المالِ یَزولُ بِزَوالِهِ .

«نهج البلاغه،حکمت 147- النهایه، ج3،ص236»

حدیث 3/ سخن امام علی(ع) درباره راه دوام روزی

  

امام علی علیه‌السلام فرموده‌اند هر که نعمت‌های خداوندی بر او افزون شود، اگر وظایف خود در برابر مردم را انجام دهد آن نعمت‌ها را پایدار خواهد کرد.

امیرالمومنین امام علی علیه‌السلام به جابربن عبدالله انصاری فرمود: ای جابر! هر که نعمت‌های خداوندی بر او افزون شود و بهره بیشتری یابد، رویکرد و رجوع مردم به او برای رفع نیاز هم بیشتر می‌شود.
پس اگر آنچه خدا بر او واجب کرده انجام دهد، نعمت‌ها را پایدار خواهد کرد. و اگر در انجام دادن وظیفه الهی خود کوتاهی کند آن نعمت‌ها را در معرض زوال و نیستی قرار داده است. 

 متن حدیث:

قال الامام علی - علیه السلام -: یا جابِرُ! مَن کَثُرَت نِعَمُ اللهِ عَلَیهِ کَثُرَت حَوائِجُ النّاسِ اِلَیهِ فَمَن قامَ للهِ فیهَا بِمَا یجِبُ عَرَّضَهَا لِلدَّوَامِ وَ البَقاءِ وَ مَن لَم یقُم فیها بِمَا یجِبُ عَرَّضَهَا لِلزَوالِ وَ الفَناءِ.

«تفسیر منسوب به امام عسکری(ع)،ص403-نهج البلاغه،ح373»